生物滤池的最大优点是构造简单、操作容易,而且能经受有毒废水或有机负荷的冲击。这是因为废水在生物滤池内的停留时间较短,即使表面的微生物可能被杀死而被脱落去除,又可以露出一层未被伤害的生物体。如果有毒废水或有机负荷的冲击持续时间较长,或有毒物质被吸附在生物膜上,生物滤池的处理效果将会受到严重影响。
因为微生物附着生长在滤料固定的表面上,无法随着环境的变化而改变反应器内的生物量,因此也就没有有效的方法控制出水的水质。因此,如果进水的浓度或流量增加,即进水的有机负荷或水力负荷增加,出水水质也将随之恶化;进水温度下降或环境温度下降,基质的去除速率也将下降。